После компиляции исходного кода запустите make install, чтобы установить Doxygen. Если Вы загрузили двоичный дистрибутив для Unix, наберите:

     ./configure     make install 

Двоичные файлы будут установлены в каталог /bin. Используйте make install_docs, чтобы установить документацию и примеры в /doxygen.

п оумолчанию в /usr/local, но может быть изменен с помощью --prefix опции конфигурационного скрипта. По умолчанию каталог это /share/doc/packages и может быть изменен с помощью опции --docdir конфигурационного скрипта.

Альтернативно, Вы можете также скопировать вручную двоичные файлы из каталога bin в некоторый каталог bin, который находится в пути поиска файлов. Этого достаточно для использования Doxygen.Замечание:Для того, чтобы это выполнялось, Вам нужен GNU программы установки (это часть пакета coreutils). Другие прогрммы установки могут поместить двоичные файлы в невернный каталог!

Если у Вас RPM или DEP пакеты, то пожалуйста следуйте за стандартной процедурой инсталляции, которая требуется для этих пакетов.