Doxygen разрабатывался и тестировался под Linux и MacOSX используя следующие средства с открытым исходным кодом:
- GCC версия 3.3.6 (Linux) и 4.0.1 (MacOSX)
- GNU flex версия 2.5.33 (Linux) и 2.5.4 (MacOSX)
- GNU bison версия 1.75
- GNU make версия 3.80
- Perl версия 5.8.1
- VIM версия 6.2
- Firefox 1.5
- tmake версия 1.3 Trolltech (включен в дистрибутив)
- teTeX версия 2.0.2
- CVS 1.12.12