Исполняемый файл doxygen — главная программа, которая разбирает исходный код и генерирует документацию. Смотрите секцию Использование Doxygen для получения более детальных сведений об использовании.
Исполняемый файл doxytag — необходим, только если Вы хотите генерировать ссылки на внешнюю документацию (то есть документацию, которая была сгенерирована doxygen) для которой у Вас нет исходного кода. Смотри секцию Использование Doxytag для получения более детальных сведений об использовании.
Опционально можно использовать исполняемый файл doxywizard, который является графическим интерфейсом для редактирования конфигурационного файла, который использует doxygen и для запуска doxygen в графической среде. Для Mac OS X doxywizard будет запущен почсле нажатия мышькой на иконке приложения Doxygen.
Следующий рисунок показывает отношение между приложениями и информащионными потоками межну ними (она выглядит сложно, но только потому, что я пытался сделать ее полной):
Информационные потоки Doxygen
Шаг 1: Создание конфигурационного файла
Шаг 2: Запуск doxygen
Шаг 3: Документирование исходного кода