Doxygen поставляется как самоустанавливающийся архив, таким образом, установка чрезвычайн опроста. Нужно только следовать диалогам.
После
установки рекомендуется также загрузить и установить GraphViz (версии
2.8 или очень рекомендуется выше). Doxygen может использовать dot инструмент из GraphViz пакета для лучшего отображения диаграмм, смотрите HAVE_DOT опцию в конфигурационном файле.
Если Вы хотите производить сжатые HTML файлы (смотрите GENERATE_HTMLHELP) в конфигурационном файле, тогда Вам нужен Microsoft HTML help workshop. Вы можете загрузить его с Microsoft.
Если Вы хотите производить Qt Compressed Help файлы (смотрите QHG_LOCATION) в конфигурационном файле, тогда Вам нужен qhelpgenerator, который является частью Qt. Вы можете загрузить Qt с Qt Software Downloads.
Чтобы сгенерировать PDF или использовать научные формулы Вам также потребуется установить LaTeX и Ghostscript.
Для LaTeX существует несколько дистрибутивов. Популярными, которые работают с doxygen являются MikTex и XemTex.
Ghostscript может быть загружен с Sourceforge.
После установки LaTeX и Ghostscript Вам нужно проверить, что latex.exe, pdflatex.exe и gswin32c.exe присутствуют в пути поиска файлов строки комманд (command box). Следуйте этим инструкциям, если Вы неуверены и запускайте комманды в строке комманд, чтобы проверить их работу.